安徽省怀宁中学发祥于清光绪三年（1877年），由怀宁邑令彭广钟假安庆任家坡丰备仓旧址所创办的凤鸣书院，至今已有一百多年。1903年改为凤鸣中学堂，1904年命名为怀宁县立中学堂，此乃怀宁中学正式得名之始。
怀宁中学，她始于满清王朝，经辛亥革命后之军阀割据，又经国民政府统治，更兼八年抗战。其间既有命运坎坷、流离颠沛、分离聚合的辛酸艰难的历程，更有百折不挠、愈挫愈进、许身社稷、报效桑梓、矢志教育兴国的光荣传统。
新中国诞生后，1950年10月县、市分治，1952年春，县委、县政府决定将本县文课、卓湖、石牌三所私立学校并入石牌初中，定名为怀宁第二初级中学（简称怀宁二中），此系怀宁中学重建初期校名。
重建后的怀宁中学，经历三次易名，即：“安徽省怀宁第二初级中学”（1952—1957）、“安徽省石牌初级中学”（1957—1958）、1958年由省教育厅定名为“安徽省怀宁中学”。
1965年春，学校确定为安庆地区重点中学。
1978年春，被确定为安庆地区首批办好的重点中学。
1988年，地、市合并后，被确定为市属重点中学。
1997年，评为市级示范中学。
1999年，评为安徽省示范高中。
2002年初，怀宁中学依托县城迁址之天时、地利、人和优势，实现自身跨越式发展，按总体规划、高标设计、分步实施、滚动推进的方针，于2002年6月8日在高河新址举行奠基仪式，2005年完成整体搬迁。自1978年以来，学校为高校输送了1万多名合格新生。现在的校园占地320亩，建筑面积70000余平方米，校园绿化面积10万多平方米，设备齐全的实验楼，宽敞明亮的教学楼，新颖别致的学生公寓，现代先进的教学设备，符合标准的田径运动场等为学子们成才提供了良好的条件。迁址后的怀宁中学将在新的起点上，坚持“以人为本、质量第一、严谨和谐、追求卓越”的办学方向，朝着规范化、现代化、第一流的目标开拓奋进。
办学宗旨强化基础，办出特色，德育为首，五育协调，优化素质教育，发展学生特长；
面向未来，培养跨世纪新型社会主义建设人才；
让学生“学会做人，学会求知，学会健体，学会审美，学会创造，学会生活”。
办学特色近期目标（2006.1—2011.12）基本完成搬迁任务，进一步完善硬件建设，使办学条件达到省级示范高中的要求；树立更新的教育质量观，初步展现学校办学特色，坚持依法治校，以德治校，坚持以课程改革为突破口，基本形成“以师生发展为本”的教育教学管理模式；发挥现代教学手段的作用，通过全面推进素质教育进一步提升教育教学质量。